Όπως φαίνεται από τα παραπάνω η λίμνη της Καστοριάς είναι εδώ και αιώνες ζωτικής σημασίας για την πόλη της Καστοριάς και για τις γύρω κοινότητες, αφενός επειδή καθορίζει τη φυσιογνωμία τους και αφετέρου επειδή αποτελεί ένα σημαντικό φυσικό πόρο. Αποτελεί επίσης ένα σημαντικό φυσικό οικοσύστημα που υποστηρίζει μεγάλη βιοποικιλότητα στην οποία περιλαμβάνονται πολλά σπάνια και απειλούμενα είδη. Για τη διατήρηση της λίμνης σε μια υγιή κατάσταση ισορροπίας απαιτείται η παρακολούθηση και η μελέτη της κατάστασής της αλλά και η λήψη κατάλληλων μέτρων ώστε να μειωθούν τα προβλήματά της. Τα μέτρα προστασίας της λίμνης θα πρέπει να λαμβάνουν υπόψη τους τα παρακάτω:

- Την προστασία σπάνιων και απειλούμενων ειδών της ορνιθοπανίδας προστατεύοντας τους οικοτόπους τους.
- Την ισορροπία των ειδών και των πληθυσμών των ψαριών στη λίμνη με μέτρα που θα μειώνουν τις πιέσεις που δέχεται το οικοσύστημα της λίμνης.

- Τη βελτίωση της ποιότητας των νερών ώστε να ανακουφιστεί το οικοσύστημα της λίμνης τόσο από το φώσφορο που συγκεντρώθηκε στον πυθμένα της προτού λειτουργήσει ο βιολογικός καθαρισμός αλλά και από άλλες πηγές ρύπανσης (καλλιέργειες, φερτές ύλες κ.λπ.)

- Να οριοθετηθεί ο υγρότοπος και να γίνεται έλεγχος των χρήσεων και των δραστηριοτήτων (εκχερσώσεις, μπαζώματα κ.λπ.) στην περιοχή για αναβάθμιση της λίμνης.

Προς την κατεύθυνση αυτή είναι σημαντικό να συσταθεί ένας ειδικός φορέας που θα διαθέτει το επιστημονικό και τεχνικό προσωπικό αλλά και τον ανάλογο εξοπλισμό ο οποίος θα αναλάβει τη διαχείρισή της. Μόνο τότε θα μπορεί να συνδυαστεί η οικονομική ανάπτυξη της περιοχής με τη διατήρηση και την προστασία της οικολογικής αξίας της λίμνης.

Επιστροφή στα περιεχόμενα